转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mRNA的总和 。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。

1. 有参考基因组的转录组分析（Transcriptome analysis with reference genome）

1) 原始数据处理

2) 序列mapping至参考基因组序列

3) 基因注释

4) 可变剪接分析

5) 新转录本预测

6) SNP及SSR分析

7) 基因表达差异分析（不少于两个样品）

8) 表达模式聚类

9) GO和KEGG富集显著性分析

11）显著性GO有向无环图

12）基因共表达网络构建

13）Ipath整合分析

2. 无参考基因组的转录组分析 （De novo Transcriptome Analysis）

1）原始数据处理

2）序列拼接

3）Unigene统计分析

4）Unigene功能注释

5）GO和KEGG分析

6）SNP及SSR分析

7）基因表达差异分析（不少于两个样品）

8）表达模式聚类

9）GO和KEGG富集显著性分析

组织样品：

动物组织：>2g

植物组织：>4g

培养细胞：>1×10⁷个

血液样品：≥2ml

RNA样本：

浓度≥200ng/μl

总量≥5μg

OD260/280在1.8-2.2之间，RIN≥7