粪便样本：不同个体的粪便是由占不同百分比的胆汁、胆红素、亚铁血红素和消化了的实物组成的复杂环境。保护微生物所处原生环境是维持微生物处于静止状态的最好方法。为保护粪便样品DNA和RNA所采取的防护措施，必须以细胞不破裂，维持微生物多样性为前提。

反复冻融对微生物是有害的，解冻过程中冰晶体会促使细胞破裂。所以，避免样品反复冻融可减少不稳定菌株的损失。对于RNA的提取，反复冻融的危害更不用说。

土壤样本：土壤样本，种类繁多，不尽相同。取样本的时候需要考虑取样的位置，表层还是表层一下，经纬度信息。还需要考虑取样的代表性，有五点取样法，S点取样法等减少取样的随意性，增加取样的重复性。

不同来源土壤样品，含水量，含盐量，腐殖酸含量等都会影响下游的实验操作，对于含水量高的样本，可以先离心去掉水分在保存，操作样本。

环境样本RNA提取技巧：

第一：环境样本中充满死的微生物和宿主细胞。大量降解的RNA在电泳或生物分析仪中对提取的RNA形成严重的干扰。若RNA离心柱绑定吸附过程中使用的乙醇由原来的100%降到70%，离心柱回收过程可以去除低分子量的RNA。但是，如果你对microRNA感兴趣，这个步骤还是需要继续使用100%乙醇的。

第二：提取过程中，尽快加入稳定剂是获得高质量RNA的关键。有两种稳定剂你可以加入到裂解缓冲液中。一是最常用的β巯基乙醇。β巯基乙醇是种强力还原剂，RNase有二硫键，还原剂破坏酶的空间结构致使其灭活。而是加入酚氯仿PH7-8。只要加入100ul,就可灭活核酸酶，其稳定作用。