Q:从土壤中提取微生物DNA,能够提取到多少量？

A:土壤中提取的DNA含量受多种因素影响，比如有机质，水分，PH值，碳含量以及采样的土层深度等，都会影响样本中微生物提取的最终含量。堆肥，表层土壤，粘土以及底泥等提取的DNA含量都不同。肥沃的土壤能够提取3-10ug DNA;一些沙土，粘土，提取的量大概就250-500ng

Q:我能增加土壤投入量来增加获得的DNA量吗？

A:Le Soil Pro DNA Kit试剂盒最好加不超过500mg的土壤量。过大的土壤量可能使得珠磨研磨过程裂解液不够，导致研磨离心后可转移的上清液不够。

Q:高UV A260值代表更多的DNA?

A:错。高A260值并不总是意味着高基因组DNA得率。除了基因组本身外，降解的DNA/RNA同样是高UV吸光率的。跑胶5-10ul可以让你了解你的DNA样品有什么，从电泳结果上能清楚看到样品主要是大分子DNA,还是破碎的小片段核酸。

Q:如果DNA样本看起来很干净，就意味着不含腐殖酸和富里酸？

A:错。腐殖酸通常会让样本呈现棕色，如果你的样本有颜色，那意味着有较多的杂质污染。就算DNA样本表面上看起来比较干净，里头一样可能含有低浓度的腐殖酸和富里酸，甚至多糖污染。

在透过A260读数估计DNA得率的同时，较低的A260/A230比值则表示DNA样本有机物污染。比值高于1.5就完美了。

Q:PCR是检查验证抑制因子的最佳途径？

A:对。唯一知道DNA样本是否含有抑制因子的办法是进行酶反应。最好是给样本做10倍梯度稀释用16S rDNA做引物，qPCR检测扩增效率。通常PCR Mix带有的背景细菌DNA会让水样对照产生干扰，但样本之间的Cq值差异足以抵消其影响（通常在6-10个循环）。进行qPCR,若结果是10倍梯度稀释之间差异约为3.3个循环。说明每个循环之间顺利进行倍增复制，样本不含复制因子。若扩增从第一个未稀释样品就无法进行下去，表面DNA中含有抑制物。切忌，不要一次加入太多DNA.起始50ul PCR用1-2ul或者10-100ng即可，从这个浓度开始梯度稀释。如果样本扩增太快（低于仪器默认基线，扩增的荧光信号被荧光背景信号所掩盖），标准曲线会出现问题，此时建议从10ng开始梯度稀释。

取1ul环境样本DNA跑PCR是另一个很好的检验方法。如果扩增失败或者产物减少，则表明样本含有抑制因子。