Small RNA是生命活动重要的调控因子，在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用。Small RNA通过多种多样的作用途径，包括mRNA降解、翻译抑制、异染色质形成以及DNA去除，来调控生物体的生长发育和疾病发生。Small RNA测序是鉴定和定量解析small RNA的新方法和有力工具。

1.去除接头序列及低质量reads的处理

2.公共及特有序列分析

3.序列比对

4.全基因组reads分布图谱

5.已知miRNA比对

6.Repeat注释

7.ncRNA注释(rRNA / tRNA / snRNA / snoRNA /piRNA)

8.外显子/内含子注释

9.RNA分类注释

10.新miRNA预测

11.样品间miRNA表达差异分析

12.miRNA表达聚类分析

个性化数据分析

1.miRNA靶基因预测(已知miRNA，模式生物)

2.miRNA靶基因预测(新miRNA)

3.已知miRNA的碱基编辑

4.miRNA靶基因的GO功能富集分析

5.miRNA靶基因的KEGG通路富集分析

6.miRNA家族分析

7.miRNA保守性分析

8.miRNA的5p和3p表达差异分析

9.构建miRNA调控网络

组织样品：

动物组织：>2g

植物组织：>4g

培养细胞：>1×10⁷个

血液样品：≥2ml

RNA样本：

浓度≥200ng/μl

总量≥5μg

OD260/280在1.8-2.2之间，RIN≥7